在木头粉碎机运转中要注意轴承的温度，使轴承保持良好的润滑状态，并且注意音响和振动有无异常。发现不正常情况时，应停车检查是否被不易破碎的物件卡住，或机件是否损坏。木头粉碎机的保险装置，要保持良好状态，绝不可为省事，而使保险装置失效。
  要保持木头粉碎机的给料均匀，防止过载，严防木材等不能破碎的物件落入木头粉碎机机中。无法破碎时，入料水分不能过高；湿法破碎时，则需要保持适当的水量，防止因冲水不足而堵塞，降低生产能力，磨损了的部件，应及时更换或维修。
  木头粉碎机停车时，要检查紧固螺栓是否牢固，易磨损部位的磨损程度如何。对木头粉碎机来说，还应当利用停车机会除掉夹在齿牙间的木材，停止运转前，应先停止给料并将机中物料排净，然后才切断电动机电源。在起动前，应当先用人力将传动轮搬动一两圈，确认运动灵活后，始可开车，等木头粉碎机运转正常后给料。
  木材焚烧污染空气环境，危害人体健康，所以现在通常禁止废旧木材、秸秆焚烧。现在一直强调禁止焚烧冒烧现象，是要求人们提高保护环境的意识，而木头粉碎机的出现很好的解决了这一问题。